Nachdem Frankreich im Deutsch-Französichen Krieg 1871 das Elsass verloren hatte, gewann der Bahnverkehr via Delle / Porrentruy an Bedeutung. Am 11. Oktober 1916 wurde der Bahnhof von deutschen Flugzeugen bombardiert. Bis zu Beginn des Ersten Weltkrieges galt Porrentruy als geistiges Zentrum des Berner Juras und hatte auch mehr Einwohner als Delémont. Als Frankreich im Ersten Weltkrieg das Elsass zurückgewann, lief der Güterverkehr wieder über Basel. Die Bedeutung der Stadt nahm ab und eine wirtschaftliche Stagnation setzte ein.